První zmínka o obci Šestajovice pochází z roku 1227, kdy obec daroval Kojata Hrabišic řádu křižovníků v Praze na Zderaze. Tito křižovníci postavili zde tvrz a vládli nad Šestajovicemi až do husitských válek. V roce 1432 zabrali obec Pražané. Od roku 1437 do roku 1547 se na šestajovické tvrzi a poplužním dvoře vystřídala řada majitelů. Po roce 1547 přešly Šestajovice opět do majetku křižovníků na Zderaze, tentokrát ženské větvi řádu. Po roce 1567, kdy klášter na Zderaze zanikl, se staly Šestajovice majetkem nejprve královské komory a potom postupně několika bohatých rodů.

V letech 1675 až 1773 vlastnili Šestajovice klementinští jezuité. Po zrušení řádu v roce 1773 se Šestajovice staly majetkem studijního fondu (univerzitní statek Chvaly). Za vlády Josefa II. byl poplužní dvůr rozparcelován mezi poddané.

Ve středověku byla jádrem Šestajovic tvrz. Podle písemné zprávy z roku 1550 byla tvrz kamenná, podsklepená jednopatrová stavba obehnaná příkopem, přes který vedl most. Tvrz postupem doby zanikla. Poslední zpráva o ní je z roku 1622 v tzv. konfiskačních protokolech. Označuje se zde již jako pustá. Zbytky tvrze bylo možno ještě nedávno sledovat v místech dnešních domů číslo 1, 2 a 3.

V roce 1770 se v Šestajovicích dokonce začalo dolovat uhlí. Pro malé zisky byla těžba brzy ukončena.

Farností patřily Šestajovice vždy do Jiren. Škola byla v Šestajovicích povolena v roce 1855, s vyučováním se začalo až v roce 1862. Původně byla škola jednotřídní, v roce 1877 byla rozšířena o druhou třídu. V roce 1895 byla postavena nová školní budova a otevřena třetí třída.

V roce 1918 byl v Šestajovicích založen Sokol. Šestajovice mají svůj znak a prapor, jehož návrh vychází ze znaku křižovníků. V únoru 1994 bylo Parlamentem České republiky obci uděleno právo znak i prapor užívat.